Abrimos terminal y ejecutamos:
gksu gedit /usr/share/indicators/messages/applications/nombre-delprograma
Y en el archivo de texto q se abrira, colocaremos lo siguiente:
/usr/share/applications/nombre-del-programa.desktop
Y simplemente cierren y guarden y tendran algo parecido a esto:
NOTA: Echale un vistazo a la carpeta /usr/share/applications y veras todas las apps q podras enlazar! :)
Via: OMGUbuntu